A legfontosabb különbség a zooidogámia és a szifonogámia között az, hogy a zooidogámia olyan állapot, amikor a hím ivarsejtek a vízben úsznak, hogy elérjék női ivarsejtjeiket, míg a szifonogámia olyan állapot, amelyben pollencsöveket fejlesztenek ki a hím ivarsejtek női ivarsejtekbe történő továbbítására.
A szexuális szaporodás különböző módon megy végbe a különböző növénycsoportok között. A teljes megtermékenyítés érdekében a hím ivarsejteknek el kell érniük a női ivarsejteket. A Zooidogámia és a szifonogámia kétféle módon magyarázza, hogy a hím ivarsejtek hogyan haladnak a női ivarsejtek felé. A zooidogámiában a hím ivarsejtek női ivarsejtek felé úsznak, míg a szifonogámiában a hím ivarsejtek pollencsövön keresztül a női ivarsejtek felé haladnak. Például az algák, a bryophyták, a pteridophyták és egyes gymnospermák zooidogámiát mutatnak, míg a magnövények szifonogámiát mutatnak.
