A differenciálás és a morfogenézis közötti legfontosabb különbség az, hogy a differenciálás leírja, hogy a sejtek hogyan specializálódnak egyedi funkciók végrehajtása érdekében, míg a morfogenezis az élő szervezetek formáinak fejlődését írja le.
A többsejtű szervezetek életüket egy sejtből kezdik, vagy spórát, vagy zigótát alkotnak. Ezért a sejtdifferenciálódás és a morfogenezis két különböző és fő folyamat, amelyek egy többsejtű szervezet fejlődése során fordulnak elő. A differenciálás a különféle speciális sejttípusok kialakulásának folyamata. Olyan sejtek és szövetek érleléséhez vezet, amelyek specifikus funkciókat látnak el egy szervezet számára. Másrészt a morfogenezis az élő szervezetek különböző formáinak kialakulásának folyamata. Meghatározza a sejtek, szövetek, szervek vagy szervezetek alakját.
