A legfontosabb különbség a porinok és az aquaporinok között az, hogy a porinok vízzel töltött pórusok és csatornák találhatók a baktériumok és az eukarióták membránjában. Eközben az akvaporinok membránfehérjék, amelyek az élő sejtekben vízszelektív csatornákat képeznek.
Különböző molekulák mennek ki és ki a sejtekből a plazmamembránon keresztül élő organizmusokban. Így a plazmamembránban különböző membránfehérjék vannak, amelyek fenntartják és szabályozzák a sejtekbe belépő és onnan kilépő molekulákat. A porinok és az akvaporinok két ilyen típusú membránfehérje. Ezek közül a porinok vízzel töltött pórusok, amelyek megkönnyítik a hidrofil molekulák transzportját a membránon. Eközben az akvaporinek vízszelektív csatornák, amelyek kifejezetten lehetővé teszik a víz szabad átengedését a membránon.
