A legfontosabb különbség az anatómiai és a fiziológiai holttér között az, hogy az anatómiai holttér arra a levegőmennyiségre vonatkozik, amely az orr, a légcső és a hörgők által alkotott légzés vezető zónáját kitölti anélkül, hogy behatolna a tüdő gázcseréjébe. Eközben a fiziológiai holttér az anatómiai holttérre vonatkozik, a levegő azon részével együtt, amely eléri a tüdő gázcserélő régióit, de nem vesz részt a gázcserében (alveoláris holttér).
A tüdő holttere a szellőztetett levegő térfogata, amely nem megy keresztül gázcserén. A holttér tehát minden árapálytérfogat olyan része, amely nem vesz részt a gázcserében. Kétféle módon lehet leírni a tüdő holtterét. Ezek anatómiai holttér és fiziológiai holttér. Az anatómiai holttér azt a levegőmennyiséget írja le, amely nem hatol be a tüdő gázcsere-régióiba, míg a fiziológiai holttér az anatómiai holtteret, valamint a levegő térfogatát, amely behatol a gázcsere-régiókba, de nem megy át gázcserén.
Egészséges egyénben mindkét érték nagyjából egyenlő. Betegség esetén a fiziológiai holttér jelentősen nagyobb lehet, mint az anatómiai holttér. Ezért az anatómiai holttérhez képest a fiziológiai holttér klinikailag jelentős.
