A legfontosabb különbség a DMSO és az MSM között az, hogy a DMSO egy kén szerves vegyület, amely a folyékony fázisban létezik, míg az MSM egy kén szerves vegyület, amely a szilárd fázisban létezik.
A DMSO kifejezés a dimetil-szulfoxidot, míg az MSM a metil-szulfonil-metánt jelenti. Mindkettő szerves kénvegyület. Azt jelenti; ezekben a vegyületekben kénatomok kapcsolódnak a szerves vegyületekhez. A DMSO és az MSM közötti fő különbség abban az anyagfázisban rejlik, amelyben ezek a vegyületek szobahőmérsékleten léteznek. Ezen kulcsfontosságú különbség mellett van néhány más különbség is.