A legfontosabb különbség a molekulapálya-elmélet és a vegyértékkötés-elmélet között az, hogy a molekulapálya-elmélet leírja a molekulapálya-képződést, míg a vegyérték-kötés elmélete az atompályákat.
A különböző molekulák eltérő kémiai és fizikai tulajdonságokkal rendelkeznek, mint azok az egyes atomok, amelyek összekapcsolódva alkották ezeket a molekulákat. Az atom- és a molekuláris tulajdonságok közötti különbségek megértéséhez meg kell érteni a több atom közötti kémiai kötés képződését a molekula előállításához. Jelenleg két kvantummechanikai elméletet használunk a molekulák kovalens kötésének és elektronikus szerkezetének leírására. Ezek a vegyérték-kötés elmélete és a molekuláris pályaelmélet.
