Az 1D és 2D gélelektroforézis közötti legfontosabb különbség a gélelektroforézis során a fehérjék elválasztására használt tulajdonságok. Az 1D gélelektroforézis csak a molekulatömeg alapján választja el a fehérjéket, míg a 2D gélelektroforézis az izoelektromos pont és a molekulatömeg alapján választja el a fehérjéket.
A fehérje elválasztása gélelektroforézissel fontos technika a fehérjék jellemzésére. A fehérjék tulajdonságai változóak; ezért az elválasztás bonyolultabb az agarose gélelektroforézissel végzett DNS-elválasztáshoz képest.
