A legfontosabb különbség a hidrokrakkolás és a hidrogénezés között az, hogy a hidrokrakkolás magában foglalja a magas forráspontú alkotórészek átalakítását alacsony forráspontú alkotórészekké, míg a hidrogénezés az oxigén és más heteroatomok eltávolítását foglalja magában.
A hidrokrakkolás és a hidrogénezés hasznos eljárások a kőolaj-finomításban. Ez a két folyamat a hidroprocesszor kategóriájába tartozik. Sőt, mindkét folyamat hidrogéngáz jelenlétében zajlik. Az elv és a mechanizmus alapján azonban egyértelmű különbség van a hidrokrakkolás és a hidrogénezés között.