A legfontosabb különbség a FISH és a CGH között az, hogy a FISH olyan molekuláris technika, amely fluoreszcensen jelölt próbák segítségével detektálja a kromoszómán található specifikus DNS-szekvenciát, míg a CGH egy másik molekuláris citogenetikai technika, amely detektálja a genomi DNS változását.
A citogenetikai elemzés fontos szerepet játszik az orvostudományban, amikor kimutatja a kromoszóma-rendellenességeket, például aneuploidiumokat, deléciókat, duplikációkat és átrendeződéseket stb. Különféle molekuláris citogenetikai módszerek léteznek a fent említett hibák és betegségek kimutatására. Közülük a FISH (fluoreszcens in situ hibridizáció) és a CGH (összehasonlító genomi hibridizáció) két erőteljes hibridizációs technika. Mindkét módszernek vannak előnyei és hátrányai.
