A metagenomika és a metatranscriptika közötti legfontosabb különbség az egyes területeken vizsgált biomolekulák típusától függ. A metagenomika a DNS-t, annak szekvenciáit és organizmusokban való viselkedését vizsgálja, míg a metatranscriptics az átírt DNS-t, főleg az mRNS-szekvenciákat és az organizmusokban való viselkedését.
A metagenomika és a metatranscriptika két olyan terület, amelyek az évek során nagy népszerűségre tettek szert a mikrobiális közösség vonatkozásában. Fontosak az egészségügyben, az iparban és a mezőgazdasági biotechnológiában. A metagenomika és a metatranscriptika egyaránt lehetővé teszi a közösségben élő egyes szervezetek és funkcionális szerepeik tanulmányozását, amelyek előnyösek vagy károsak.
