A legfontosabb különbség az anyagcsere és az emésztés között az, hogy az anyagcsere a biokémiai reakciók teljes halmaza, amely egy szervezetben zajlik, míg az emésztés a nagy oldhatatlan élelmiszer-molekulák kis molekulákra bontása, amelyek felszívódhatnak a véráramba.
Az anyagcsere és az emésztés egyaránt fontos folyamat, amely az élő organizmusokban fordul elő. Amint fent említettük, az anyagcsere az élő organizmusban bekövetkező kémiai és fiziológiai reakciók teljes csoportjára utal, beleértve az állatokat és a növényeket is. Az emésztés, amely az ételek lebontása, szintén az anyagcsere része.