A sterilizálás és a fertőtlenítés közötti legfontosabb különbség az, hogy a sterilizálás a mikrobiális élet minden formájának elpusztítása, beleértve az objektumban lévő spórákat is, míg a fertőtlenítés a káros mikroorganizmusok csökkentését vagy eltávolítását jelenti az élettelen tárgyakból és felületekről.
A mikroorganizmusok mindenütt jelen vannak. Mivel szennyeződést, fertőzést és bomlást okoznak, szükségessé válik eltávolításuk vagy megsemmisítés az anyagokból vagy területekről a fertőtlenítés útján. A sterilizálás és a fertőtlenítés a fertőtlenítés két módja. A fertőtlenítés célja a mikrobák elpusztítása olyan szintre, amelyet a fertőzés nem továbbít, de nem feltétlenül pusztítja el az összes életlen tárgyban található mikroorganizmust. A sterilizálás azonban a fertőtlenítés folyamata, amelynek során a tárgyban lévő összes mikroorganizmus elpusztul, következésképpen a tárgy steril lesz. Ezért a sterilizálási eljárás megöli a spórákat, beleértve a baktériumok endoszporáit is. Röviden,azt mondhatjuk, hogy a sterilizálás megöli az összes mikroorganizmust, amely egy tárgyban vagy helyen jelen van, míg a fertőtlenítés csak a káros mikroorganizmusok számát csökkenti az átvitel megakadályozása érdekében.
