A maltóz és az izomaltóz közötti fő különbség az, hogy a maltóznak két glükózegysége van egymással alfa-1-4 kötésen keresztül összekapcsolva, míg az izomaltóz két glükóz egységgel van összekapcsolva alfa 1-6 kötésen keresztül.
A maltóz diszacharid. Ez azt jelenti, hogy két cukoregység van összekapcsolva egymással. A maltóz és az izomaltóz esetében a cukoregység egy glükózmolekula. Ezért a diszacharidok e két formája a két glükózegység kémiai kötése szerint különbözik egymástól. Azonban ezek a cukorformák redukáló cukrok.
