A legfontosabb különbség a természetes és a mesterséges testvérvárosi kapcsolatok között az, hogy a természetes testvérvárosi kapcsolat természetesen az anya szülőjének méhében történik, míg a mesterséges testvérvárosi kapcsolat a laboratóriumban történik.
Az ikreket természetes vagy mesterséges testvérvárosi kapcsolatokkal állítják elő. Ikrek előállításához az embriónak ketté kell válnia. Ezután ez a két sejt feloszlik és genetikailag azonos egyedekké fejlődik. A természetes testvérvárosi kapcsolat természetesen egy anya méhében történik, míg a mesterséges testvérvárosi kapcsolat a Petri-csészékben lévő laboratóriumban történik. A mesterséges testvérvárosi kapcsolat az ikerintézmény természetes folyamatát utánozza. Az embrió felosztása manuálisan történik mesterséges ikerintézményi kapcsolat esetén. Biztonságosabbnak tekintik, mint a természetes ikerintézményeket.
