A legfontosabb különbség a poliszacharid és a konjugált vakcinák között az, hogy a poliszacharid vakcinák csak szabad poliszacharidokat tartalmaznak antigénekként, míg a konjugált vakcinák poliszacharidokat tartalmaznak egy fehérjemolekulával kombinálva.
A poliszacharid- és konjugált vakcinák kétféle vakcinát jelentenek. A poliszacharid vakcinák csak a poliszacharid kapszulát tartalmazzák antigénként az immunválasz stimulálására. Ezért elhanyagolható immunválaszt okoznak a konjugált vakcinákkal összehasonlítva. A konjugált vakcinák immunogén fehérjéhez konjugált poliszacharidokat tartalmaznak. Ezért erősebb immunválaszt váltanak ki. A konjugált vakcinák ráadásul létrehozzák a B-sejtek memóriáját és a hosszú távú immunizációt. Jelenleg a konjugált vakcinák jelentősen felváltották a poliszacharid vakcinákat.
