A legfontosabb különbség a bakterioklorofill és a klorofill között az, hogy az anoxigenikus fototrófoknak, például a lila baktériumoknak, a heliobaktériumoknak és a zöld kén baktériumoknak stb. Van baktériumklorofill, míg az oxigénes fototrófoknak, például a zöld növényeknek, az algáknak és a cianobaktériumoknak klorofillak.
Kétféle fotoszintézis létezik; oxigénes fotoszintézis és anoxigenikus fotoszintézis. Kétféle fotoszintetikus pigment is létezik, például klorofill és bakterioklorofill. Az oxigénes fototrófokban van klorofill, míg az anoxigenikus fototrófokban bakterioklorofill van. A bakterioklorofill és a klorofill az egész szerkezetükben hasonló. De különböznek a gyűrű körüli helyettesítésekben, valamint a fitol farka hosszában és helyettesítésében. A klorofilloknak négy típusa van, míg a bakterioklorofillaknak hét típusa van.
