A tömegspektrometriában a pozitív és a negatív ionizáció közötti legfontosabb különbség az, hogy a pozitív ionizáció pozitív töltésű, míg a negatív ionizáció negatív töltésű ionokat képez.
A tömegspektrometria vagy MS az analitikai kémia technikája, amely az ionok tömeg / töltés arányát méri. Ennek a technikának a végeredménye tömegspektrumként jelenik meg, amely intenzitás diagramként jelenik meg. Továbbá ezt a diagramot a tömeg / töltés arány függvényében rajzoljuk meg. A tömegspektrometriához az általunk használt eszköz egy tömegspektrométer. Amikor bevesszük a mintánkat ebbe az eszközbe, a minta molekulái ionizálódnak. Itt nagyon fontos a megfelelő ionizációs technika kiválasztása, mert nagy hatással van a végeredményre. Ha reagensgázt, például ammóniát használunk, az a minta molekuláinak ionizációjával a készülék beállításától függően csak pozitív ionokat vagy csak negatív ionokat képez.
