A legfontosabb különbség a homozigóta és a heterozigóta között az, hogy a homozigóta azt jelenti, hogy mindkét allél egy tulajdonsághoz hasonló, míg a heterozigóta azt jelenti, hogy a két allél különbözik egy tulajdonságnál.
A szülői kromoszómáktól örökölt gének irányítják az állatok, növények és minden más élőlény összes karakterét vagy tulajdonságát. Ez az alapvető oka annak, hogy a szülői tulajdonságok megmutatkoznak az utódokban. A legtöbb eukarióta organizmusnak két olyan génkészlete van, amelyek anyai és apai génekként ismertek. Ezért a genetikai helyzetet diploidnak (két kromoszómasorozat) nevezik. Azt jelenti; az összes tulajdonság genetikai összetevőket tartalmaz anyától és apától egyaránt. Ezek a gének azonban lehetnek dominánsak vagy recesszívek egymással szemben, és ekkor válnak fontossá a homozigóta és heterozigóta jellemzők. A homozigóta két domináns allél (AA) vagy két recesszív allél (aa) állapota, míg a heterozigóta egy domináns allél és egy recesszív allél (Aa) állapota.
