A legfontosabb különbség az endocitózis és a fagocitózis között az, hogy az endocitózis az a folyamat, amikor az anyagot sejtmembrán vezikulumok képződésével viszik be a sejtbe, míg a fagocitózis a nagy szilárd anyag fagoszómák kialakításával a sejtbe juttatását jelenti.
Az endocitózis és a fagocitózis két transzportmechanizmus, amely anyagokat visz be a sejtbe. Az endocitózis három kategóriába tartozik. Közülük a fagocitózis és a pinocitózis a két leggyakoribb típus. Sőt, a fagocitózis az endocitózis egyik formája. Mindkét mechanizmus során anyagokat vesznek fel a vezikulák belsejébe. Ezen anyagok közé tartoznak a sejtek törmelékei, enzimek, elhalt sejtek, kórokozók, hormonok, tápanyagok stb. Az endocitózis ellentétes mechanizmusa az exocitózis, amely magában foglalja az anyag eltávolítását a vezikulákba zárt sejtből.
