A legfontosabb különbség az endotoxin és az exotoxin között az, hogy az endotoxin egy lipopoliszacharid, amely a baktérium sejtfalán fekszik, míg az exotoxin egy olyan fehérje, amely a baktériumsejt külsejére választódik ki.
A toxigenezis a toxinok kórokozó baktériumok általi termelésének folyamata. Ez az egyik fő mechanizmus, amelyet a baktériumok a betegségek kiváltására használnak. Kétféle baktérium toxin létezik, mint endotoxin és exotoxin. Szerkezetileg és kémiailag különbség van az endotoxin és az exotoxin között. Továbbá másképpen hatnak az élő szervezetekre. Általában az endotoxinok lipopoliszacharidok, míg az exotoxinok fehérjék.
